En la segunda temporada, el Jefe Maestro John-117 lidera su equipo de Spartans de élite contra la amenaza alienígena conocida como Covenant. A raíz de un suceso impactante en un planeta desolado, John no puede evitar la sensación de que su guerra está a punto de cambiar y lo arriesga todo para demostrar lo que nadie más creerá: que el Covenant se está preparando para atacar la mayor fortaleza de la humanidad. Con la galaxia al borde del abismo, John se embarca en un viaje para encontrar la clave para la salvación de la humanidad, o su extinción: el Halo.